Sector Zona Norte

 Sector caracterizado por un clima privilegiado, donde se genera un microclima que favorece el desarrollo de la agricultura, destacando cultivos como papas, cerezas, frutillas, cereales y diversos árboles frutales. Esta condición se refleja en una notable biodiversidad, con presencia de especies nativas como el lleuque, el ciprés de la cordillera y el piche, entre otras.

Además, la Zona Norte concentra importantes atractivos termales de la comuna, como las Termas de Coyuco y las Azufreras de Pelehue. A esto se suman destacados atractivos naturales y geológicos, tales como la Laguna Mariñanco, el Salto Mallín de los Caballos, las Discordancias de Contraco y las Columnas Basálticas de Llanquén, todos ellos reconocidos como Geositios del Geoparque Mundial UNESCO Kütralkura.

Sector Centro / El Valle

 Este sector se caracteriza por la presencia del paso fronterizo Liucura–Pino Hachado, uno de los más transitados de Chile, debido a su baja altura sobre el nivel del mar, lo que facilita la conectividad internacional. En esta zona se emplaza la Reserva Nacional Alto Biobío, con una superficie superior a las 33.000 hectáreas, siendo la villa Liucura la principal puerta de entrada para los visitantes que cruzan el paso fronterizo.

El territorio destaca por su riqueza geológica, donde es posible apreciar diversas formaciones rocosas, tales como Piedra Blanca, La Cruzada Chica en el sector de Pehuenco y la Cumbre Cayulafquén en el sector de Pichipehuenco. Estos sitios corresponden a geositios pertenecientes a la Formación Mitrauquén, con una antigüedad estimada entre 8 y 9 millones de años. Asimismo, se identifican importantes estructuras geológicas como la Falla de Tralilhue y la Falla de Pinosolo, consolidando al sector como parte del Geoparque Mundial UNESCO Kütralkura.

Sector Zona Urbana

La zona urbana de Lonquimay se caracteriza por su particular trazado de forma ovalada, similar a un óvalo o huevo, y se encuentra emplazada en el valle del río Lonquimay. Este río presenta una singularidad geográfica, ya que fluye en dirección oeste–este, a diferencia de la mayoría de los ríos de la zona.

Desde la ciudad de Lonquimay es posible recorrer la Cuesta de Las Raíces, una ruta alternativa de aproximadamente 20 kilómetros que permite atravesar la Cordillera de Las Raíces por su parte superior, ofreciendo un paisaje de gran belleza escénica donde predominan las araucarias (Araucaria araucana). Este camino conduce hacia la localidad de Malalcahuello y, además, permite el acceso al Valle de Las Mellizas, territorio tradicional de trashumancia de las comunidades mapuches pehuenches de Mallín del Treile y El Naranjo. Como alternativa de conexión, la comuna también cuenta con el Túnel Las Raíces, que comunica directamente con la comuna de Curacautín.

Asimismo, Lonquimay destaca por la cercanía de importantes geositios del Geoparque Mundial UNESCO Kütralkura, como el Humedal y Laguna San Pedro (G71), ubicado a 4 km del radio urbano, y el Sendero La Cascada o Salto Alaska (G105), a 8 km, los cuales realzan el valor geológico, natural y turístico del territorio.

Sector Zona Sur

 Este sector corresponde a la zona lacustre de la comuna, donde se emplazan el Lago Galletué y la Laguna Icalma, cuerpos de agua de origen glaciar que poseen un alto valor paisajístico y turístico, constituyéndose como pilares para el desarrollo local. Las aguas de ambos lagos, al confluir, dan origen al río Biobío, uno de los ríos más extensos e importantes de Chile.

En esta zona se ubican destacados geositios del Geoparque Mundial UNESCO Kütralkura, entre los que sobresalen el Lago Galletué (G37) y la Meseta Batea Mahuida (G19), en el sector de Cruzaco, siendo ambos los más visitados del sector sur.

La comunidad de Quinquén tiene un rol fundamental en este territorio, ya que fue en esta localidad donde, durante la década de 1990, se gestó la histórica lucha por la recuperación de tierras y la protección de la araucaria (Araucaria araucana), permitiendo que hoy se conserven estos verdaderos fósiles vivientes.

Asimismo, en la Zona Sur se encuentra el Paso Fronterizo Icalma, que conecta con las localidades argentinas de Villa Pehuenia y Moquehue. Esta cercanía favorece el intercambio turístico y cultural, beneficiando a ambos territorios. Adicionalmente, desde este sector es posible acceder a la comuna de Melipeuco a través de la ruta S-61.